La gouvernance de l’Institut est assurée par :
- un Conseil d’Administration (CA) qui pilote les orientations stratégiques nationales ;
- une Direction générale ;
- un Conseil Pédagogique et Scientifique (CPS) ;
- dne Direction de la Formation et de la Recherche ;
- des Départements d’Enseignement et de Recherche (DER) ;
- des services administratifs ;
- une cellule Interne d’Assurance Qualité (CIAQ) ;
- une cellule Genre (CG) ;
- deux Chaires UNESCO
- des services rattachés.

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La présidence du Conseil d’Administration est assurée par le Ministre en charge de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique.
Le Conseil d’Administration (CA)
Il détermine la politique générale de l’établissement. Il exerce, dans les limites des lois et règlements en vigueur, les attributions spécifiques suivantes :
- Approuver le rapport annuel d’activités de l’Institut et les états financiers en fin d’exercice ;
- Voter le budget prévisionnel ;
- Délibérer sur toute question relative à l’organisation des programmes de formation, de perfectionnement et recherche ;
- Adopter les programmes d’activités, d’équipement et d’investissement ;
- Fixer les modalités d’octroi de primes et d’autres avantages au personnel ;
- Approuver l’organisation interne et le plan d’effectif de l’Institut ;
- Délibérer sur les plans de recrutement ;
- Donner un avis sur toute question soumise à lui par l’autorité de tutelle.
Président : le ministre de l’enseignement supérieur et de la Recherche scientifique ou son représentant ;
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- un représentant du ministre de l’Education nationale ;
- un représentant du ministre de la Formation professionnelle ;
- un représentant du ministre chargé des Finances ;
- un représentant du ministre chargé des Nouvelles Technologies de l’Information et de la Communication ;
- le Directeur Général de l’Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique ;
- le Directeur Général du Centre national de la Recherche scientifique et technologique ;
- un représentant des Universités ;
- un représentant de l’Ecole normale supérieure de Bamako ;
- un représentant de l’Institut des Sciences Humaines ;
- un représentant de la Direction Nationale de la Pédagogie ;
- un représentant du Centre National des Œuvres universitaires ;
- un représentant des Etablissements d’Enseignement supérieur privé ;
- un représentant de l’Institut National d’Ingénierie de la Formation professionnelle (INIFORP) ;
- un représentant du Complexe numérique de Bamako ;
- un représentant de l’Agence des Energies Renouvelables du Mali (AER)
- un représentant du Comité National d’Ethique ;
- un représentant du personnel de l’Institut de Pédagogie Universitaire ;
- un représentant des Etudiants de l’Institut de Pédagogie Universitaire.
Le Conseil pédagogique et scientifique (cps)
Il est obligatoirement consulté sur le projet d’établissement et sur toute question à caractère académique, pédagogique et scientifique. Il peut être saisi par le Directeur général de toute autre question relative à la vie de l’Institut.